Абсолютное большинство озёр в Финляндии имеют ледниково-тектоническое происхождение. Во время плейстоцена территория, которую занимает современная Финляндия, была покрыта ледниками. При таянии, происходившем 9-10 тысяч лет назад, ледники сформировали соответствующий рельеф с моренными грядами, валунами и болотистыми понижениями. Отступавшие ледники сгладили и заполнили котловины водой. Так, например, озёра Сайменской системы после отступления ледника непосредственно сообщались с Балтийским бассейном, являясь заливами Иольдиевого моря. Обособление современного бассейна озера Сайма от Балтики произошло около 8 000 лет назад.

В Финляндии также существуют озёра метеоритного происхождения. Крупнейшее кратерное озеро страны — Лаппаярви — находится в области Южная Остроботния. Возраст кратера оценивается в 73,3 млн лет. Удар метеорита создал кратер около 23 км в диаметре. Последующие геологические процессы сильно его деформировали.

Почти все озёра изобилуют многочисленными заливами, полуостровами и островами, соединены между собой протоками и образуют разветвлённые озёрные системы. В стране преобладают небольшие озёра со средними глубинами 5-20 м. Однако в пределах Озёрного плато, находящегося в центральной Финляндии, встречаются довольно большие и глубокие водоёмы. Так, глубина озера Пяйянне достигает 93 метров.